キャンプに訪れていたコナンたちは、その帰りに西多摩市にある完成間近の日本で最も高いツインタワービルに立ち寄った。一方で、ビルのオーナーと知り合いである小五郎・蘭たちと偶然合流し、最先端のハイテクビルに案内されることになった。しかし、そこにはビル建設にからんで暗躍した怪しい面々が集っていた。竣工を前にしたこのビル内には、静かにそして大きな事件の魔の手が忍び寄り始めていた。